Pilates também é opção para tratamento e reabilitação. Hoje na literatura científica há evidência que comprova a eficácia do método Pilates para o tratamento conservador de algumas doenças.
É recomendado para a reabilitação de distúrbios músculo-esqueléticos e articulares, alterações posturais, pós-tratamento ortopédico e algumas doenças neurológicas.
Para a prática de Pilates Reabilitação é necessário agendar uma avaliação fisioterapêutica e apresentar o encaminhamento médico.